外廷大臣得知皇子由万贵妃抚养，生怕又弄出什么事端，内阁大学士商辂与同僚联名上疏，向皇帝指出：皇子聪明绝顶，国本攸关，外间传闻生母因病别居，母子久久不得见面。希望把皇子生母移住近处，使母子朝夕相处，是宗社的大幸。纪氏迁居永寿宫后，宪宗多次与她宴饮。万贵妃妒火中烧，设计下毒，致使纪氏病倒，几天后去世。《明史·后妃传》说：“纪淑妃之死，实(万贵)妃为之。”这一点是确凿无疑的，连宪宗心里也明白，却不敢说破。千方百计保护皇子与纪氏的太监张敏，害怕遭到万贵妃陷害，自尽而死。
成化十一年(1475)，宪宗册立皇子朱祐樘为皇太子。皇太后周氏担忧太子的安危，向宪宗提出，由她来抚养，于是朱祐樘离开万贵妃，来到太后的居所仁寿宫，得以平安成长。某一天，万贵妃请太子吃饭，太后叮嘱他不要吃贵妃的东西。太子到了那里，先是说已经吃饱了，继而说怀疑有毒。万贵妃恨之入骨，说：此儿才数岁，就如此厉害，他日要鱼肉我了!幸亏她死在宪宗之前，没有任何人敢“鱼肉”她。
成化二十三年(1487)春，万贵妃暴病而死，宪宗连续七天不上朝，伤心地说：万贵妃去了，我也快要去了!八月间，宪宗果然追随万贵妃而去。看来宪宗对于万贵妃的擅宠，端的是真情流露，依怜、畏惧、恩爱，交织在一起。
万贵妃的肆无忌惮，完全是宪宗纵容出来的。举一反三，历史上常见的所谓“女人祸水”，其实责任全在皇帝身上。古往今来后妃跋扈的政坛怪事，均应作如是观。
