1981年，侯孝贤拍出第一部长片《就是溜溜的她》，在这部影片中，他大胆运用长镜头而造就出的独特视觉风格，后来成了他的电影的标识。1982年，侯孝贤执导的《在那河畔青草青》，获得了第19届台湾金马奖最佳导演、最佳影片奖提名。
1983年与万仁、曾壮祥联合执导的《儿子的大玩偶》获西德曼海姆影展佳作奖，并引领台湾电影超级明星潮的开端。同年，执导的《风柜来的人》获1984年法国南特大三洲电影节最佳作品奖、获第21届台湾金马奖最佳导演、最佳影片奖提名。1984年创作剧本《油麻菜籽》获第二十一届台湾金马奖最佳改编剧本奖。执导的《冬冬的假期》获1985年法国南特三大洲电影节最佳作品奖，获第30届亚太影展最佳导演奖。1985年与朱天文合作创作剧本《童年往事》获第22届台湾金马奖最佳原著剧本奖。该影片还名列影史百大华语电影第三名。还凭借该片获三十七届西柏林电影节国际影评人奖，及鹿特丹电影节、夏威夷电影节、亚太影展作品奖。
1987年，执导的《恋恋风尘》获1987法国南特三大洲电影节最佳摄影音乐奖、葡萄牙特利亚国际影展最佳导演奖。同年凭借影片《尼罗河的女儿》获意大利都灵电影节第五届国际青年影展影评人特别奖。1989年，侯孝贤执导拍摄的《悲情城市》以台湾二·二八事件历史背景，讲述一家兄弟四人的遭遇和生活，这部在平稳叙述中悲情之作，首次以华人电影感动威尼斯电影节的评委，获得华人电影史上第一个重要的国际电影节奖项金狮奖。该片还斩获第26届台湾电影金马奖最佳导演奖。1993年，执导的影片《戏梦人生》获戛纳电影节评判特别奖。1995年，凭借《好男好女》获第48届嘎纳国际电影节金棕榈奖提名，同时，还获得第32届台湾电影金马奖最佳导演奖。
1998年，侯孝贤在他的作品《海上花》中放弃了他一贯喜欢的长镜头，运用新的拍摄手法和偌大的优美布景。《海上花》这部影片讲述了在19世纪末的上海英租界，发生在几个妓女和几个男人之间的故事。2005年，凭借舒淇、张震主演的爱情片《最好的时光》获第58届嘎纳国际电影节金棕榈奖提名、第25届香港电影金像奖最佳亚洲电影提名及第42届台湾金马奖最佳导演、最佳影片奖提名。2014年，第8届“亚洲电影大奖”侯孝贤获终身成就奖。同年3月，由侯孝贤监制的抗日题材影片《兰亭》在中国内地上映。2015年5月24日，侯孝贤导演电影作品《刺客聂隐娘》获得戛纳电影节最佳导演奖。
