一旦多铎的士兵进入这些重炮的射程之内，那么就有成百上千的人被杀死杀伤。但是多铎不慌不忙地指挥自己的炮队向城墙西北角射击，随后清步兵一涌而上，通过大炮的火力网，一直冲到城墙根底下。在那里，史可法又掌握了瞬间的主动，因为他的弓箭手们直射城下的那些进攻者。
很明显，此时多铎已经命令他的士兵不惜代价夺取西北角了。每当一名清兵倒在箭下，另一个便补了上来。很快，尸体越堆越高，一些清兵甚至不需要梯子就能爬上城墙。随着清兵越上越多，守城者便开始恐慌起来。城墙防御工事沿线的守兵们争着跳上木制炮台，以爬上最近的房顶，然后逃跑。在很多地方，过重的炮台坍陷了，那些守城士兵如果没有被压死，也在随 后的肉搏战中被杀死了。
接着，这种恐慌在城里也蔓延开来。不管是因为叛徒的鼓动还是因为一些谣言(有人说，守军以为满军是黄得功将军派来的一些增援部队)，主要城门很快被城内的人们丢弃不管了。随着清军的涌入，南明的士兵丢弃了他们的头盔和长矛，狼狈不堪地逃向南门，企图从那个方向逃走。另外一些人，知道这座城市已经被全部包围了，干脆就不抱有任何希望。曾经以日记记载了随后发生的灾难的王秀楚还记得：“突有一骑由北而南，撤缰缓步，仰面哀号，马前二卒依依辔首不舍，至今犹然在目，恨未传其姓字也。”
就在守城的士兵丢盔卸甲，急忙在城中民房里寻找藏身之地时，史可法离开他在城北门的炮台，骑马穿过内城，直奔南门，他希望从那儿出去，然后从侧翼进攻满人。但为时太晚了，清军已经到达了城南门。史可法这时认识到，他已经失去了扬州，抵抗可能已是毫无意义的了。
一两天前，史可法曾面问庄子固，如果扬州城陷落，他是不是准备为主尽忠。庄子固不假思索地回答说，他会的。此刻，史可法真的请求庄把他自己杀死，但是庄子固不忍这样做。于是史可法猛然拔出自己的佩剑自刎。但是，他没有受到致命伤，只是倒在庄子固的怀里血流不止。史可法大声呼叫其养子助他速死，但是史得(德)威犹豫再三未能下手。结果从城北门逃来的败兵把他们席卷而去，后面有满人紧追不舍。混战之中，庄子固被杀死了，史可法被一个认出了他的清军将领捉住。史可法请求把他带到他们的指挥官那里去。
